Las aplicaciones de Threema son de código abierto, lo que permite que cualquiera pueda auditar el código de Threema por su cuenta. Además, expertos externos realizan auditorías de seguridad exhaustivas de forma periódica. A continuación, se enumeran las auditorías más recientes.
Para acceder a la documentación completa de los algoritmos y protocolos utilizados en Threema, consulte el Cryptography Whitepaper.