A diferencia de otros servicios de mensajería, en Threema su identidad no depende de un número de teléfono. Cada usuario de Threema recibe un ID de Threema de 8 dígitos generado aleatoriamente al abrir la aplicación por primera vez. Este ID es su dirección única en Threema y le permite usar Threema de forma totalmente anónima, sin revelar ninguna información personal.
Su ID de Threema es solo uno de los dos componentes que conforman su identidad en Threema. El otro componente es el llamado par de claves (formado por una clave pública y una clave privada) que es esencial para el cifrado. Su ID de Threema está ligada permanentemente a su clave pública. La clave pública se envía a los servidores de Threema para ser distribuida a sus compañeros de chat, mientras que la clave privada permanece en su dispositivo donde se almacena de forma segura. Todos los mensajes que se le envíen se cifrarán individualmente con su clave pública en el dispositivo del emisor. Solo se pueden descifrar con su clave privada personal.
