La aplicación de escritorio y el cliente web funcionan de la misma manera.
En ambos casos, se establece una conexión cifrada de extremo a extremo entre el ordenador y el dispositivo móvil. Los mensajes sincronizados se guardan sólo en la memoria volátil. En cuanto finalice la sesión en su ordenador (por ejemplo, cerrando la aplicación de escritorio/cliente web o deteniendo o borrando explícitamente la sesión), los mensajes desaparecerán. La aplicación de escritorio y el cliente web simplemente actúan como una extensión de la aplicación móvil y, por lo tanto, cumplen con el alto estándar de seguridad de Threema.
Las especificaciones técnicas están documentadas aquí.