Threema OnPrem ist eine unabhängige und komplett eigenständige Chat-Umgebung. Nutzer von Threema OnPrem können nur mit anderen Nutzern derselben OnPrem-Instanz kommunizieren. Es ist folglich mit der Threema OnPrem-App nicht möglich, mit Nutzern zu kommunizieren, die Threema oder Threema Work verwenden.
Threema, Threema Work und Threema OnPrem lassen sich jedoch parallel (mit verschiedenen Threema-IDs) verwenden.