Die Benachrichtigungspriorität ist einstellbar in Threema unter «Einstellungen > Töne & Benachrichtigungen > Priorität» und bestimmt, wie prominent Benachrichtigungen angezeigt werden. Die Standard-Einstellung ist «Hoch» und sollte grundsätzlich nicht verändert werden. Anpassungen dieser Einstellung können von Gerätehersteller zu Gerätehersteller und von Android-Version zu Android-Version unterschiedliche Auswirkungen haben. Im Allgemeinen sollten bei der Einstellung «Niedrig» keine Popup-Benachrichtigungen angezeigt werden.