Desktop-App und Web-Client unterscheiden sich nicht in der Funktionsweise.
In beiden Fällen wird eine Ende-zu-Ende-verschlüsselte Verbindung zwischen Computer und Mobilgerät hergestellt. Synchronisierte Nachrichten werden nur im Arbeitsspeicher gehalten. Sobald Sie die Sitzung auf dem Computer beenden (z.B. durch Schliessen der Desktop-App bzw. des Browser-Fensters oder durch Beenden oder Löschen der Sitzung), sind die Nachrichten weg. Die Desktop-App und der Web-Client dienen somit als verlängerter Arm der Threema-App und entsprechen dem hohen Sicherheitsstandard, den die Mobil-App vorgibt.
Die technischen Einzelheiten sind hier dokumentiert.
